بقيت أخبار البعنه التاريخيه مقفلا عليها إلى ان احتلها صلاح الدين الايوبي من الصليبين وبعد معركة حطين سنة 1187م. ثم نراها بعد 79سنه خرابا بلقعا وكان ذلك على يد الظاهر بيبرس البندقداري السلطان الرابع من سلاطين المماليك يوم احتلال الجليل من الصليبين عدا عكا سنة 1266م. ولم يدم الخراب طويلا فسكنت من المسلمين ومسيحيين ومن جهات شتى. وليس من شك ان طائفة صغيره من مسيحييها عادوا إليها لأن بيبرس هاد وسالم مسيحيي البلاد التي اجتاحها كما ذكر بعضهم. وأخر ما عرفة الكاتب عن البعنه من الناحيه التاريخيه في عهد حكم العثمانيين لهذه البلاد في سنة 1739 انتزع ظاهر العمر الزيداني البعنه من محمد النافع صاحب صفد بعد أن ضرب قلعتها الصليبيه بمدفعيته. وفي زمن سليمان باشا عّين موسى أبو ريا (سخنين) وكيلا على مقاطعتي الشاغور والجبال وترشيحا لجمع الضرائب. ان البعنه مع كل الولايات التي اصطدمت بها لم تفقد مكانتها التاريخيه فنجد أبا العباس أحمد القلقشندي المتوفي سنة 1418م بكتابه صبح الاعشى في صناعة الانشا ج3 ص 153 يقول : ان الشاغور الجنوبي كان يعرف عرابه والشاغور الشمالي كان يعرف بشاغور البعنه. ويظهر ان البعنه كانت في ايام القلقشندي أكبر القرى في الشاغور الشمالي حتى نسب إليها كما كانت عرابه أكبر القرى في الشاغور الجنوبي حتى نسب إليها.