يرجح المؤرخ "مصطفى الدباغ" أن كلمة فسوطة من الجذر (Pesaq) وتعني شقَّ أو قطع، وبذلك يكون المعنى اسمها المقطوعة والمعزولة.

فيما يرى آخرون أن القرية سُمِيَتْ بعد أسماء عبر العصور ، ومن تلم المسميات:

- "فوست" في الفترة اليونانية.

- "مفشاطا" في الفترة الرومانية.

-"فازوس" – "فاصولي" و"فاروقي " في الفترة الصليبية. -"فاسوته" في الفترة الإسلامية المتأخرة. 

ومن المؤكد أن اسم فسوطة اليوم هو الصيغة النهائية من الأصول المذكورة سابقاً.