احتلت القرية ضمن عملية الاستيلاء على القرى الواقعة بين السهل الساحلي والقدس، التي بدأت نهاية آذار 1948. وتم احتلال دير محيسن وجارتها خلدة ضمن عملية نحشون في 6 نيسان- أبريل. وقد سُويت القرية بالأرض بُعيد احتلالها.

هذه ترجمة حرفية من مؤرخي الاحتلال وهو وصف بلغتهم بما حدث ونؤكد أنها روايتهم وليست روايتنا ولكنها مهنة في توصيف جرائمهم

الترجمة حرفية، ما بين هلالين للتوضيح وغير مذكور في الوثائق.
كتب الدكتور ميلشطين: " المهمة الاساسية التي قامت بها كتيبة حايم لاسكوف في عملية نحشون (5 – 6 ابريل وحتى 15 ابريل 1948، الهدف فك الحصار عن القدس.) كانت مهاجمة قرية دير محيسن (قرية عربية فلسطينية، من قرى قضاء الرملة. تقع على بعد 4 كم غرب اللطرون، وصل عدد سكانها في العام 1945 الى ما يقارب 460 نسمة. تمر بالقرية الطريق المؤدي الى اللطرون وهي الطريق الرئيسية التي كانت تربط منطقة الساحل الجنوبي بالقدس. اقيمت مكان القرية المهجرة مستوطنة باكوع يوم 4 نوفمبر 1952).
 تم حشد القوات العسكرية الكبيرة لقطع الطرق المؤدية الى القرية. لاحتلال القرية تم تجهيز وحدة اليكس شافير، وحدتان تابعتان للبالماح تحت قيادة يعقوب ستوتسكي ووحدتان من كتيبة غبعاتي بقيادة ارييه شفاق.
 تقدمت القوات سيرا على الاقدام من منطقة قرية خلده (قرية فلسطينية مهجرة، تقع قرابة 12 كم جنوب الرملة، وصل عدد سكانها في العام 1945 الى ما يقارب 280 نسمة.) وحتى دير محيسن حاملين معهم سلاحا وعتادا خفيفا ومتوسطا. سارت الوحدات في ثلاثة مسارات وكان من المفروض الالتقاء في نقطة تبعد 500 متر عن الهدف وذلك في الساعة الثانية فجرا صباح يوم 6 ابريل 1948.
 وصل ستوتسكي، شافق وجنودهم الى النقطة المتفق عليها في الساعة المحددة. وكتب جندي الصف اوري افنيري: " سار امامي ستوتسكي، الشيء الذي اخشاه في الليل هو انقطاع جهاز الاتصال ..... سرنا ما يقارب الساعة، نحن في ارض العدو، في كل ثانية يمكن ان يطلقوا النار علينا من الكمين، اعتقد اننا نصدر ضجة كبيرة، صوت نعالنا على الصخر وعلى الاعشاب، هناك من يسعل ..... وهناك من يتعثر ويقع. انا اهدئ من روعي ....
 اضاف افنيريي: " سرنا اكثر من ساعتين وكنا في حالة من عدم الاكتراث .... لا يهم اذا اطلقوا النار ... المهم التخلص من العتاد الثقيل ..... اقتربنا الى النقطة المحددة لنا، الكل في حالة ارهاق وتعب. سمعت صوت ارييه شافق يهدئ الجنود، شعرت بالأمان، خرجت مع فرقتي مع وحدة خبراء المتفجرات لزرع الالغام في الطريق المؤدي والموصل بين دير محيسن وصيدون." ( قرية فلسطينية من قرى قضاء الرملة وتبعد عنها حوالي 9 كم الى الجنوب، وصل عدد سكانها في العام 1945 الى قرابة 250 نسمة).
 جنود الطليعة الذين ساروا في المقدمة اوصلوا كتيبة اليكس شافير الى مكان غير المكان المحدد.... في الساعة الثانية بعد منتصف الليل رفع شافير تقريرا عبر جهاز الارسال عن الخطأ الذي حصل الى لسكوف المتواجد في قرية خلده، وطلب منه ان يطلق عيارات نارية مضيئة ليستدل على الطريق، استجاب لسكوف وغير شافير طريقه. في الساعة الرابعة فجرا رفع لسكوف تقريرا لابيدان مفاده ان شافير وجنوده ضلوا الطريق. عند بزوغ الفجر وصل شافير وقسم من جنوده الى المكان المحدد شرقي دير محيسن.
 كان الجنود في حالة من الاعياء والتعب وقام قسم منهم بإلقاء بعض العتاد الذي يحمله،. بسبب حالة الجنود اخبر لسكوف ابيدان عن عدم امكانية احتلال قرية دير محيسن بشكل سريع، اجابه ابيدان: "احتل القرية مهما حصل".
 بعد ساعة من بزوغ الفجر وصل الى المكان المحدد باقي الجنود التابعين لكتيبة شافير وكانوا معرضين لنيران العرب التي اطلقت عليهم من التلال المجاورة وخاصة من حي الشيخ موسى الواقع على التلة الشمالية لقرية دير محيسن والتي تحكمت بالمنطقة..... وعبر جهاز الارسال سمع صوت قائد الكتيبة لسكوف وهو يقول: " اليكس، انت في المنطقة، اذا اردت، هاجم. اذا لم ترد فاختبئوا، اترك القرار بين ايديكم ".
 وجاء في تقرير رفعه لسكوف ان شافير قرر ان يهاجم لأنه اعتقد ان الهجوم اقل خطرا من الانسحاب.
 قبل مداهمة القرية اطلق جنود شفاق النيران وقنابل الهاون على القرية، ساعدت فرق الضباط، يسرائل طال، زئيف بار سبر وشموئيل ابيدور بإطلاق النار. سقطت بعض القذائف على حي الشيخ موسى.
 قامت فرقتان من البالماح بقيادة ستوتسكي بمهاجمة القرية من الجنوب وشنت فرقة مدرعة بقيادة مائير حيفتس هجومها من الشمال. اما شافير فقد نوى ان ينقض على مركز القرية وهذه قصته كما جاءت في الملف الوثائق: " قلت لرجالي، الى الامام، هاجموا وبدأت بالركض، لم يتحرك رجل من رجالي، لا القادة ولا الجنود، الوحيد الذي ركض معي كان حامل جهاز الارسال. قلت مرة اخرى، الى الامام وركضت، لم يتحرك احد. استلقى الجنود، صرخت، عاهرات، انهضوا. صرخ يسرائل طال : اليكس ماذا تفعل؟ لم ينتظر الجواب اعطى سلاحه الخفيف الى زئيف بار سبر وانظم الي مع بندقية رشاشة. دخلنا القرية، كانت البيوت فارغة، هرب السكان ".
 ادى الخلاف بين ستوتسكي وشفاق الى هرب السكان. داخل البيوت كان الطعام ما زال ساخنا، كان الماء يغلي على بوابير الكاز (بريموس). وفي تقرير رفعه شافير جاء ما يلي: "11 عربيا شوهدوا فارين مع اسلحتهم من قرية دير محيسن الى اللطرون".
 قام جنود شافير "بمهاجمة" الدجاج في ساحات القرية وفتشوا عن الغنائم داخل البيوت. تم اطلاق النار عليهم من على التلال المحاذية للقرية. اصيب 7 اشخاص بجروح، توفي واحد منهم واخر فقد بصره. توقفت عملية النهب ليستعد الجنود للدفاع عن انفسهم بسبب رد الفعل العربي القادم من القرى المجاورة.