كانت المزرعة الشرقية منتجعا ريفيا، منذ فترة العصر البرونزي، المتوسط والمتأخر حوالي (2000 قبل الميلاد -1000 قبل الميلاد) وقد دلت المكتشفات الأثرية التي تم العثور عليها في القرية ومحيطها، على ان الحياة فيها وجدت منذ أكثر من أربعة آلاف سنة (2000 سنة ق.م). اهتم كل من سكنها بالزراعة وخاصة الزيتون والعنب والتين واللوزيات في القرن السابع قبل الميلاد احتل الفرس المنطقة واقاموا مستعمراتهم فيها وقد احتل الرومان فلسطين في العام 63 ق.م - 324 م واهتموا بمنطقة المزرعة ومحيطها واعادوا بناء المستوطنات القديمة، وفي العصر البيزنطي، ما بين 324-638م، أطلق على المنطقة اسم (الدرجة)، للتدرج في طبقاتها الأرضية والصخرية، وعندما دخل المسلمون فلسطين مر منها الجيش الإسلامي بقيادة عمرو بن العاص القادم من الشام إلى القدس، وقد سكنها المسلمون، وعملوا على زراعتها والمنطقة المحيطة بها، وقد استخدمها المسلمون أيضا كمنتجع لجيوشهم. وبقيت المنطقة تزخر بالحركة والحياة، حتى دخول الصليبيين إلى فلسطين في العام 1099م الذين أعادوا بناءها من جديد وتطويرها حيث بنوا الكنائس والقلاع في الطيبة وتل العاصور، والمزرعة (البرج) والتل، وعندما دخل القائد الإسلامي صلاح الدين الأيوبي لتحرير فلسطين في العام 1187 م، ساعدت المزرعة وسلواد والقرى المحيطة جيوش صلاح وقد مر جيش صلاح الدين من القرية إلى سلواد متجها إلى الجنوب. وفي فترة الحكم المملوكي زادت أهمية المزرعة وكانت وقفا من أوقاف السلطان الظاهر بيبرس وفي فترة الحكم العثماني بقيت تشتهر بالزراعة وسكن العثمانيون فيها وكان للمزرعة دور كبير في تمثيل السلطة الحاكمة وحكم المنطقة المحيطة بها، حيث عرفت بمنطقة بني مرة، وبرز دور بعض العائلات، وظهرت شخصيات تولت الحكم على هذه الناحية، ضمن نظام إقطاعي ويمكن القول ان المزرعة والقرى المحيطة بها كانت منذ أكثر من أربعة آلاف عام وحدة واحدة واستمر هذا الوضع حتى منتصف القرن التاسع عشر حوالي 1850م