بني الجدار العازل حول القرية سنة 2005 بطول 5 كم لعزل 637 دونم (18.7 % من القرية) من ضمنها معسكر عوفر وأراضي زراعية أخرى. عزلت القرية جراء الجدار من أربع جهات عن القرى المجاورة خصوصا القدس وأصبحت رام الله مقصدها الوحيد من خلال نفق يمر من تحت شارع 443 الإلتفافي "الإسرائيلي".

يعتبر جدار العزل العنصري الذي يحيط بقرية رفات الفلسطينية من جهاتها الشمالية والغربية والجنوبية جزء من المخطط "القدس الكبرى الإسرائيلي" الذي تقوم 'إسرائيل' بتنفيذه في خطوة لفرض واقع أليم على الأرض الفلسطينية  وتغيير المعالم الجغرافية من خلال بناء جدار العزل العنصري الذي سوف يحكم اغلاق مدينة القدس عن باقي محافظات الضفة الغربية . وكانت "إسرائيل"  قد استأنفت العمل على مشروع مخطط 'القدس الكبرى في أوائل السبعينات عندما قامت الحكومة "الإسرائيلية" بتدشين الخطوة الاولى لمخططه  بتوسيع مساحة المستوطنات "الإسرائيلية" الواقعة خارج حدود بلدية القدس لخلق نوع من التواصل الجغرافي بين المستوطنات "الإسرائيلية " في مدينة القدس في الوقت نفسه قطع أوصال التجمعات الفلسطينية الواقعة شرق مدينة القدس عن المدينة نفسها وحرمانها من حقها في العيش في المدينة. ويشمل مخطط 'الق دس الكبرى ' ضم التجمعات الاستيطانية "الاسرائيلية" التي تحيط بمدينة القدس إلى "إسرائيل" وتشمل تجمع معاليه أدوميم الاستيطاني شرق القدس ، وتجمع جفعات زئيف الاستيطاني شمال القدس ، وتجمع غوش عتصيون الاستيطاني جنوب القدس.