- تعاني مدينة بيت حانون من مشاكل بيئية متعددة، تعود لأسباب كثيرة منها:

النهضة العمرانية في المدينة التي ينتج عنها تراكم مخلفات البناء.

تكدس نفايات المنازل المدمرة والمخلفات الناتجة عن تجريف الأراضي والمنشآت والمزارع والسيارات.

وجود مكبات نفايات قديمة مهجورة لم يتم معالجتها والتخلص منها.

عدم استكمال شبكة الصرف الصحي في بعض المناطق والأحياء.

نقص مساحة الأراضي في المناطق الصناعية وازدحام هذه المنطقة.

ارتفاع نسبة النترات في مياه الشرب.

ارتفاع درجة الحرارة بمعدل 4 درجات عن المعدل الطبيعي بسبب التعدي على الأشجار، والبناء العشوائي وغير المنظم لذلك فالمدينة بحاجة إلى إعادة تشجير الأراضي ودعم المشاريع التي تعتنى باقامة الحدائق العامة والمتنزهات وتشجير الشوارع والطرقات.