كانت مدينة قلقيلية منذ تأسيسها تتبع إدارياً لمدينة طولكرم، واستمر الأمر كذلك خلال العهدين العثماني والبريطاني.

وعندما تم توقيع اتفاقيات الهدنة باتت قلقيلية وكذلك طولكرم تحت الإدارة الأردنية، وأيضاً بقيت قلقيلة بلدة من بلدات قضاء طولكرم.

في عام 1967 احتلت قلقيلية كما باقي قرى ومدن الضفة الغربية تحت الاحتلال وباتت تحت إدارة الاحتلال المباشرة، والتي أيضاً لم تغير في التقسيم الإداري للمدينة واستمرت في اعتبارها من قضاء طولكرم.

في عام 1995 وبعد أن تم استلمت السلطة الفلسطينية إدارة شؤون مدن الضفة الغربية بموجب اتفاق أوسلو الموقع عام 1993 اعتمدت السلطة الفلسطينية وضعاً إدارياً جديداً في الضفة الغربية، ومن بينها أن فصلت قلقيلية عن مدينة طولكرم وباتت مركزاً لمحافظة قلقيلية وألحقت بها مجموعة من القرى والبلدات (بعض تلك القرى كانت من قضاء نابلس وبعضها الآخر من قضاء طولكرم كما سنوضحها لاحقاً).