كان أهل قلقيلية يعتمدون سابقاً في احتياجاتهم من المياه على الآبار الموجودة في البلدة، وفي عام 1960 قام المجلس البلدي بتزويد المدينة بشبكة مياه   حيث وصلت شبكة المياه جميع أنحاء المدينة.

وبحسب الإحصاء الحديث لمعهد الأبحاث التطبيقية- أريج يوجد في قلقليلة حتى عام 2013 (تاريخ إعداد الإحصاء)  42 بئر ارتوازي يزود أهل المدينة بمياه الشرب وكذلك تستخدم هذه المياهلري المحاصيل الزراعية في المدينة.

الجدير بالذكر أن المدينة تعاني شحاً في الموارد المائية نتيجة إجراءات الاحتلال وقيوده ووجود الجدار العازل بمحيط المدينة من جميع الجهات.