على الرغم من صغر مساحتها إلا أنها تتميز بموقع جغرافي جعلها محط أنظار الجيوش التي غزت المنطقة عبر التاريخ، ومن هذه الأسباب:

• إشرافها على سهل مرج ابن عامر من جهته الجنوبية.
• موقعها المرتفع لتشرف على ما يجاورها من بلدات وقرى، فمن مجدو يمكن مشاهدة ما يجاورها من بلدات ومناطق حيث يمكنك مشاهدة جبل الكرمل، وسلسلة جبال فقوعة وسهل زرعين.
• قربها من مدينة جنين على مسافة 18 كم عنها، ومسافة 17 كم عن مدينة الناصرة، و30 كم عن مدينة بيسان شرقاً، وحوالي 35 كم عن مدينة حيفا شمالاً، وبذلك فهي قريبة من أربع مدن فلسطينية ما منح موقعها هذه الأهمية الاستراتيجية.
• بعد احتلال المنطقة أسست سلطات الاحتلال الإسرائيلي على أراضي مجدو واللجون كيبوتس سمي "مجيدو" ثم أسست لاحقاً على أراضي مجدو أيضاً مطار مدني وهو ما عزز وزاد أهمية موقع مجدو بالنسبة لسلطات الاحتلال.