تم تقديم العديد من التحليلات لأصول اسم البلدة بما في ذلك:

• تعود التسمية إلى اسم قديس مسيحي؛ 

• تعود التسمية إلى قرية يوهانا أو حانون التي كانت موجودة حتى عام 732 قبل الميلاد ثم مرة أخرى تحت الحكم البيزنطي؛ 

• تعود التسمية إلى شخصية صليبية غزت المنطقة؛ 

• تعود التسمية إلى مريم العذراء. 

يشير مرقص المعلم أن اسم دير حنا يعود لأصول صليبية، فبعدما احتل الصليبيون فلسطين أسسوا ثلاثة جماعات عسكرية، وهي فرسان القديس يوحنا المعمدان، وفرسان الهيكل وفرسان القبر المقدس، وقد قامت الجماعة الأولى بتأسيس دير في موقع القرية وأطلقوا عليه اسم «القديس يوحنا»، وقد تبنى ظاهر العمر هذه التسمية، والتي بقيت إلى هذا العصر. لكن يتناقض هذا الرأي مع الباحث ميخائيل آفي يونا، والذي بحسبه يعود أصول تسمية القرية إلى الرومان والذين أسموها «كفر يوحنا»، وقد تبعت إدارياً صفورية آنذاك، أما الصليبيين فقد أسموها «دير حنة».