تقع بلدة برقين غرب مدينة جنين، على جبال وتلال متفرقة، وتجمع في تضاريسها بين ثلاث بيئات مختلفة:الأراضي السهلية، والجبال المرتفعة نسبياً مقارنة بالمدينة، والوديان. وترتفع حوالي 270 متر عن سطح البحر، وهي التجمع الأقرب إلى جنين، إذ تبعد عنها مسافة هوائية لا تزيد عن الكيلومترين، باتجاه الغرب (أربعة كيلومترات مسافة فعلية). ترتبط بالمدينة بطرق رئيسة وفرعية، تحدها شمالاً قرية كفردان، ومن الجنوب سهل عرابة الذي يبلغ طوله 11 كيلومتراً مربعاً وعرض يقدر بأربعة كيلومترات، أما من الشرق فتحدها جنين ومخيمها، فيما تقع قرية البارد (الهاشمية) وكفرقود في ناحيتها الغربية. تبلغ مساحة أرضيها العمرانية وفق المخطط الهيكلي القديم(861) دونماً، والمصادق عليه (أربعة آلاف دونم) ، أما الأراضي الزراعية فتبلغ تسعة عشر ألف ومائتي دونم، وتحيط بها أحزمة خضراء من أشجار الزيتون، التي تعود إلى العهد الروماني، ويطلق عليها الأهالي "الزيتون الرومي".

تبلغ مساحة اراضي القرية المسجلة وذلك حسب سجل الاراضي حالي (40,000) دونم تعتمد البلدة على القطاع الزراعي بنسبة كبيرة، وتقدر مساحة الأراضي التي يزرعها السكان في سهل مرج ابن عامر بنحو 18 ألف دونماً، إضافة إلى 8 آلاف أخرى في سهل عرابة، وتبلغ مساحة الأراضي المزروعة بأشجار الزيتون وغيرها من الأشجار الرعوية 10 آلاف دونم. كان في البلدة نبع ماء في واد برقين، أطلق عليه السكان"الحاووز"، وكان يستخدم للشرب ولري المزروعات، قبل أن يجف في أوائل الثمانييات. 

يقع واد برقين إلى الغرب من مدينة جنين على بعد 2كيلو متر تقريباً، ويمر من الجهة الشمالية شارع برقين جنين وشارع حيفا جنين، ومن الجهة الغربية جبل الجابريات وخزان المياه التابع لبلدية جنين. أما من الجهة الشرقية يوجد المخيم (مخيم جنين) ومن الغرب وادي الخوري الذي يفصله عن قرية برقين التي تبعد حوالي 2 كيلو متر تقريبا. 

تبلغ مساحة واد برقين كيلو متر مربع واحد تقريبا. وهو ذو طبيعة جبلية حيث يقع على تلة صغيرة أسفل جبل عال ويتبع له من الجهة الشمالية بعض المناطق الزراعية السهلية وهي جزء من مرج بن عامر المشهور بخضرته وجماله الخلاااب.

أما بقية الأراضي التابعة له فهي جبلية صخرية فيها بعض أشجار الزيتون واللوز.