تعود تسمية البلدة حسب بعض المصادر إلى زمن المسيح، حيث تذكر الكتب التاريخية ان المسيح حين خرج من الناصرة متوجّهاً نحو مدينة بيت لحم مرّ على موقعٍ وجد فيه كهفاً يأوي عدداً من المصابين بمرض البرص فأشفاهم، فسمّي الموقع "بورصين" وتحوّل بعد ذلك إلى بورقين ومن ثم استقر على برقين. وربما تكون تسمية برقين قد أتت من الجذر السامي المشترك "برك" بمعنى الاستراحة.