احتلال القرية وتهجير سكانها
 كانت بلدة بير إماعين قبل النكبة 1948م وادعة مطمئنة عامرة بأهلها أراضيها خصبة بمزروعاتها وأشجارها وأهلها مالكون لأرضها وكان الناس هانئين بحياتهم مطمئنين قانعين بما تجود به الأرض من نعمة الله .

وأنقلبت الأيام مع بداية عام 1948م وبدأت المناوشات في الأماكن الساخنة على أرض فلسطين خصوصاً مع المستعمرات وقوات الانتداب البريطاني جاهزة لتسليم فلسطين إلى اليهود في 15/5/1948م لتحقيق وعد بلفور وبدأ أهالي فلسطين بشراء السلاح وقام أهالي بير إماعين أيضاً بشراء السلاح والذخيرة بكل الأثمان ومعظمهم باعوا القمح والشعير والبعض باع الأبقار والأغنام وآخرون باعوا ذهب نسائهم واشتروا البنادق والذخيرة حتى أصبح لكل حارة أو حوش وأحياناً كل بيت فيه من يدافع عن منطقته وطبعاً كان هذا السلاح من أجل الصمود وفعلاً صمد أهالي بير إماعين وحاربوا مع القرى المجاورة ومنطقة باب الواد من أجل إغلاق الطريق العام الواصل بين القدس والرملة ، وكان أهالي بير إماعبن شديدي التعلق بأرضهم التي كانت تعطيهم من بركاتها من دون حدود ، لذا لم يبخلوا بالتضحية وبالدفاع عنها بكل إمكانياتهم التي بين ايديهم واستمر أهالي القرية صامدين وجاء جيش الإنقاذ والجيش العربي الأردني وتمركزوا في عدة أماكن من القرية من أجل إسترداد بعض القرى التي سقطت بيد اليهود قبل وصولهم بيوم أو يومين مثل : عنابه والكنيسة وخروبة وفعلاً قامت مصفحات الجيش الأردني بضرب عدد من المواقع لليهود وتوقف التقدم وحاول إرجاع القرى القريبة من بير إماعين ثم قام اليهود بهجوم معاكس بقيادة إيغال آلون واسحق رابين اللذان حولا لواء يفتاح بكتائبه لضرب الجيش الأردني وقالت الرواية الإسرائيلية أنها قصفت بير إماعين بـ(48) قذيفة مدفعية ودُمر عدد من آليات الجيش الأردني واستمر اليهود يالتقدم رغم خسائره الكثيرة واحتلت قرية بير إماعين واستشهد عدد من قوات الجيش العربي ومن أهالي القرية وجاء في كتاب : (كي لا ننسى) لمؤلفه وليد الخالدي أن الوحدات التي أشتركت في الإستيلاء على بير إماعين كانت مؤلفة من فصيلين من الكتيبتين الأولى والثانية من لواء يفتاح وفي هجوم مضاد شن بعد ظهر 16/4/1948م تكبد الجيش العربي الأردني خسائر جسيمة عندما حاول بلا طائل استنقاذ قريتي سلبيت وبرفيلية ، وفي اليوم التالي نقلت وكالة اسوشيتد برس أن القوات الإسرائيلية المرابطة في قريتي بير إماعين والبرج أخضعت الطريق العام الواصل بين رام الله واللطرون لنيران أسلحة اليهود .

وهكذا على الرغم من صمود الجيش العربي وجيش الإنقاذ وأهالي القرية في وجه عصابات الاحتلال التي قتلت ودمرت البيوت وأصبح الوضع كارثياً خرج أهالي بير إماعين مشياً على الأقدام إلى القرى المجاورة تاركين أعز ما يملكون الأرض وكان الجميع ينامون تحت الأشجار والكهوف تائهين هائمين على وجوههم لا حول لهم ولا قوة يفترشون الأ{ض ويلتحفون السماء … إنها نكبة تطهير عرقي .