تتميز أراضي النقيب بوفرة مياهها الطبيعية وذلك نظراً لانخفاضها عن مستوى سطح البحر، بالإضافة لإشرافها على شاطئ بحيرة طبرية، ومن هذه المصادر المائية التالية كان أهل القرية يحصلون على حاجاتهم من المياه للري والشرب والاستعمال المنزلي:

• بحيرة طبرية التي كانت تستخدم مياهها في الري والشرب على حدٍ سواء.
• عين النقيب التي كانت تنبع من مرتفعات الجولان وتتدفق مياهها باتجاه القرية.
• عيون الحمة الحارة التي كانت تقع شمال القرية وتبعد عنها حوالي 1,5كم فقط.
• وادي طرودي الذي يتدفق من مرتفعات الجولان ليصب في بحيرة طبريا ماراً بشمال شرقي القرية، وهو يجري شتاءً فقط ويكون شديد الغزارة عند تدفقه، وينمو على طرفي الوادي نباتات الدلف.
• وادي المكمن ووادي السنسات الذين أيضاً يبدأ جريانهم من مرتفعات الجولان ويصبان في البحيرة ولكن يمران من ناحية القرية الجنوبية.
• أما وادي المزفر فهو أيضاً يبدأ في جريانه من مرتفعات الجولان ويصب في البحيرة ماراً بشمال قرية النقيب.

الجدير ذكره أن اهل القرية كانوا يستفيدون من مياه هذا الأدوية شتاءً للري أما مياه الشرب والاستعمال المنزلي فكانت من العيون سالفة الذكر، ولم يقم أهل القرية بمد شبكة مياه للقرية، وكانت النساء تنقلنَّ المياه من تلك العيون إلى المنازل بواسطة جرار فخارية.