احتلال القرية وتطهيرها عرقيا 

كانت كفر عانة واحدة من مجموعة القرى الواقعة شرقي يافا, والتي احتلت في سياق عملية حميتس التي نفذتها قوات الهاغاناه ( أنظر بيت دجن, قضاء يافا). وكانت الغاية من هذا الهجوم عزل يافا, وتمهيد الطريق أمام الهاغاناه للاستيلاء عليها. وقد نفذت هذا الهجوم وحدات اختيرت من ثلاثة ألوية في الهاغاناه, وبدأت بعد أربعة أيام من هجوم عصابة الإرغون الجبهي على يافا نفسها. ومن المرجح أن تكون كفر عانة سقطت يوم سقوط قرية ساقية المجاورة على يد لواء الكسندروني يوم 29 نيسان\ أبريل.
 بعد مضي نحو أربعة أشهر في 13 أيلول\ سبتمبر كانت كفر عانة إحدى أربع عشرة قرية أدرجها في قائمة التدمير, رئيس الحكومة الإسرائيلية دافيد بن- غوريون, الذي طلب الإذن أم لا, لكنه يذكر أن القرى سويت بالأرض بعيد ذلك. وفي وقت لاحق من ذلك الشهر عينت كفر عانة موقعا لإنشاء مستعمرة للمهاجرين الجدد.