وربما تكون كفر عانة بنيت في موقع قرية عونو الكنعانية, التي ذكرت في قائمة الكرنك التي وضعت للفرعون المصري تحوتمس الثالث ( القرن الخامس قبل الميلاد). ويبدو أنها كانت مدينة حصينة في العصر الحديدي , أي بعد مرور ثلاثة قرون تقريبا. وقد عرفت في العصر البيزنطي باسم أونوس. في سنة 1596, كانت كفر عانة قرية في ناحية القدس, وعدد الغلال كالقمح والشعير والزيتون والفاكهة, بالإضافة الى عناصر أخرى من الإنتاج والمستغلات كالماعز وخلايا النحل وكروم العنب.
 في أواخر القرن التاسع عشر كانت كفر عانة قرية مبنية بالطوب, ومحاطة بشجر النخيل. وقد بنيت منازل كفر عانة الحديثة في موازاة الطريقين المشار إليهما فيما تقدم وتمددت القرية مع بناء المنازل الجديدة نحو الغرب والشمال في اتجاه طريق يافا- اللد. وكان السكان كلهم, في ذلك الوقت, من المسلمين. وكان في القرية مدرستان: احداهما للبنين والأخرى للبنات. وكانت مدرسة البنين, التي أسست في سنة 1920, تمتلك 22 دونما من الأرض وكان يؤمها 270 تلميذا في سنة 1944. أما مدرسة البنات, فقد أنشئت في سنة 1945, وسجلت في تلك السنة 75 تلميذة. وكان السكان يستنبتون الغلال الزراعية, ويربون الطيور الداجنة والنحل. في 1944\1945 كان ما مجموعه 2214 دونما مخصصا للحمضيات والموز و و 11022 دونما للحبوب, و 597 دونما مرويا أو مستخدما للبساتين. والقرية نفسها كانت موقعا أثريا. وكان ثمة بالقرب منها, الى جهة الشرق موقع أثري آخر هو خربة كفراجون ( 138159).