دارت على أراضي الفالوجة معارك عديدة منذ بداية عام 1948 نظراً لأهمية موقعها الجغرافي بالنسبة لطرفي القتال، وقد تحصّنت وحدة من الجيش المصري على أراضيها بالإضافة لبعض المتطوعين العرب المشاركين في الحرب والمدافعين عن القرية من أبنائها.

ومع نهاية شهر تشرين الأول/ أكتوبر 1948 أطبقت جيش الاحتلال حصاراً على قريتي الفالوجة وعراق المنشية المجاورة لها وقد استمر هذا الحصار حتى نهاية شهر شباط/ فبراير من عام 1949، عندما تم توقيع اتفاقية الهدنة بين الحكومة المصرية وحكومة الاحتلال، وكانت إحدى بنود الاتفاقية أن تخرج وحدات الجيش المصري الموجودة في الفالوجة وعراق المنشية باتجاه غزة والأراضي المصرية بحيث تبقى الفالوجة وعراق المنشية منطقة مجردة من السلاح على أن يبقى سكانها فيها.

ولكن عقب خروج وحدات الجيش المصري جاءت للقرية وحدات من جيش الاحتلال يوم 27 شباط 1949 وأنذرت أهالي القرية بقوة السلاح للرحيل عنها خلال عدة أيام فقط، فما كان لدى أهالي القرية بعد أن احتلت الأرض ونفذ السلاح إلا خيار الرحيل والمغادرة، وما إن حلَّ يوم 1 آذار/ مارس 1949 حتى كانت القرية خالية تماماً من أهلها، ومُحّتلة من قبل قوات الاحتلال.