خلال ثلاثينيات وأربعينيات القرن الماضي، شاركت قريةّ بيت إكسا في مواجهة الاستعمار الإنجليزي والحركةالصهيونية، وفي بداية فترة نكبة عام 1948 شكّلت القرية ملجأً لأهالي قرى لفتا وقالونيا ودير ياسينالمهجّرة، ففي حالة لفتا على سبيل المثال، وعند نسف بيوت القرية، كان المفرّ الوحيد لسكّانها هو الاتجاهنحو الشمال، أي نحو بيت إكسا ثمّ رام ﷲ.

ومما روُي شفوياً من تلك الفترة أن فتاة هُجّرت من دير ياسين، مرتّ ببيت إكسا، ومكثت فيها يوماً كاملاًدون أن تنبس ببنت شفة، وعُرف أن أفراد عائلتها استشهدوا أمامها. 

وفي أواخر نيسان عام 1948، هاجمت قوّات البالماح الصهيونية القرية، ونجحت بالسيطرة عليها بعد معرك ٍةضارية شارك فيها أهل القرية.

وفي زمن احتلالها تعرضّت بيت إكسا، لاعتداءات صهيونية شملت تدمير منازل -ما يتجاوز الثمانين منزلاً-،ومسجد ومدرسة القرية، وتذكر الرواية الشفوية أن مما هُدم في عام النكبة مضافات العائلات، مثلمضافة عائلات اسماعيل وجبر وزايد وعائلة الحمائل.^[1] كما عُرف من شهداء تلك الفترة من القرية الشابمحمد حسين لقيانية، الذي أطلق عليه العدوّ النيران بالرشاشات وأردوه شهيداً في شوارع القرية، ومنضمن الذين استشهدوا بالألغام حسين سالم زايد، محمد علي زايد، يوسف نعمان، ونصار سرور.

ومن ضمن الحوادث التي يذكرها أهالي بيت إكسا ممن عاصروا النكبة، قيام شبان مناضلين من القريةبجلب جندي صهيوني قتلوه ورموه على أعين السكّان ثم دفنوه في أراضي القرية. 

وفي فترة احتلال القرية  هُجّر بعض سكانها إلى بيت حنينا المجاورة لهم ومكثوا فيها بضع ليالٍ، ويذُكر أنهم مكثوا في كروم الزيتون في قرية بيت حنينا التي حثّ أهاليها أهالي بيت إكسا للعودةإ لى قريتهم، وقسم آخر منهم لجأ إلى قرية قلندية، وآخرون لجأووا إلى البلدة القديمة في القدس كماهاجر الكثير من سكّان القرية إلى الأردن.

ثم أعُيدت بيت إكسا لاحقاً، عام 1949، للإدارة الأردنية بموجب اتفّاقيات الهدنة. وعاد لها كثير من سكانهاخاصة ممكن كانوا في الأردن. ويروي أحدهم: "في العام 1953 فوجئنا بدعوة وجهتها القوات الأردنية للمواطنين الفلسطينييّن الذين كانوا يقطنون في قرية بيت إكسا بضرورة الذهاب إلى الحافلات للعودة إليها بعد انسحاب اعصابات الصهيونية منها بموجب اتفاق بين الجانبين.

عاد قرابة 300 شخص من أهالي القرية إليها من أصل قرابة 1800 غادروها، وكان علينا تدبر أمورنا في بيوتنا التي دمرت أجزاء كبيرة منها وبينها منزل عائلتي، بالفعل عدنا إلى القرية وواصلنا صمودنا حتى اليوم.

ثمّ وقعت القرية تحت الاحتلال في حرب عام 1967، وتعرضّت القرية للقصف، وزاد من حدتّه موقعها بالقرب من موقع عسكري في قرية النبي صموئيل المجاورة لها، وآخر إلى الغرب من بيتسوريك. وأثناء تعرضّها للقصف لجأ سكان القرية إلى عدة مناطق منها رام ﷲ ودير دبوان وعين سينيا، ومكثوا فيها قرابة الأسبوع، ثمّ عادوا إلى القرية، وجزء منهم اضطر اللجوء إلى الأردن استقروّا فيها حتى اليوم