بدأت سلطات الاحتلال منذ عام 2002 بإنشاء جدار الفصل العنصري الذي بات يقضم شيئاً فشيئاً آلاف الدونمات من مختلف أراضي قرى ومدن الضفة الغربية، أما بالنسبة لوادي قانا وعلى الرغمن من أن المستوطنات المقامة على أراضيها وتقضم بشكل دائم عشرات الدونمات منها، فإن جدار الفصل العنصري كذلك يخترق أراضي الوادي الجنوبية الشرقي إلى الجنوبية ثم الجنوبية الغربية غرباً باتجاه قرية كفر ثلث.