القرية عبارة عن حارتين. الحارة الأولى تسمى الحارة الشرقية وكان يطلق عليها النهر، والحارة الغربية وكان يطلق عليها "تل النهر" وللاختصار تسمى "التل". والتل تقوم على هضبة مرتفعة حوالي 50 متراً عن سطح البحر. يوجد قرب القرية تل يسمى تل القهوة وفيه الكثير من الآثار.

تقسم قرية النهر إلى قسمين بينها بستان الجزيرة لآل الشاذلي. وهي مستطيلة الشكل أول ما يواجهنا فيها بيوت عائلة العفيفي حيث جنينة العفيفي المشهورة بأزهارها ثم الساحة أمام البيوت ويطل على الساحة بيت محمود سعيد مرعي العفيفي، يحيط به بيوت أولاد عمه. بعد ذلك تسير بنا الطريق إلى الحارة حيث تقام البيوت على جانبي الطريق وهي بيوت مصنوعة من الحجارة المغطاة باللبن والطين حيث سقوفها مؤلفة من الخشب المغطى بالتراب حتى تصل إلى آخر القرية حيث يقوم في نهاية القرية بيت آل الشاذلي.

في هذه القرية نبعان كبيران تتفجر منهما المياه وتسير في قنوات حيث تسقي بساتينها:
1- الينبوع الأول: بركة الفوارة وتقع شرقي القرية.
2- الينبوع الثاني: بركة تل المفشوخ وتقع غربي القرية.

ترتفع بركة الفوارة حوالي ستة إلى سبعة أمتار عن سطح الأرض وتفيض عنها المياه لتجري في قناة تنتهي عند مطحنة للقمح والذرة. بعد إدارة دولاب المطحنة المائية تجري هذه المياه لسقاية بساتين النهر وأم الفرج (القرية المجاورة لقرية النهر).

وادي المفشوخ يخرج من جنوب معليا وينتهي في البحر عند مستعمرة نهاريا ويمر بخربتي زونيتا وجعتون وبقريتي النهر وأم الفرج وبموقع الحميمة القرية الصغيرة. ويفرغ المفشوخ أربعة ملايين متر مكعب سنويا.

أقيمت على نبع التل (أو بركة التل أو نبع المفشوخ كما كانت تسمى وتعرف من أهالي القرية) بركة كبيرة. ويعتبر نبع المفشوخ أغزر من نبع الفوارة بأربعة أضعاف على وجه التقريب. أقيمت في أسفل البركة مطحنة للحبوب سميت مطحنة البركة أم حجرين لأن مياة البركة كانت تدير دولابين في وقت واحد نظراً لغزارتها. وتجري المياه بعد ذلك في قناة حفرت خصيصاً لها لسقاية بساتين النهر وبساتين أم الفرج والحميمة.

 في القرية جنينة (حديقة العفيفي) ملك لآل العفيفي وهي من الجنائن النادرة في فلسطين حيث يمر في وسطها قناة مياه الفوارة وعلى جانبي القناه مقاعد من الخشب، وكانت الجنينة مسقوفة بعرائش، وفيها شارعان مبلطان يقسمانها إلى أربعة أقسام متساوية حيث جميع هذه الأقسام مغروسة بالورود والرياحين المتنوعة الأشكال والألوان. يحيط بالحديقة جدار من الإسمنت يعلوه حديد بشكل جميل وملون باللون الأزرق. وكانت تقام أمامها الأعراس والتعاليل أثناء الليل. نظراً لكثرة المياه في القرية شيد عدد من المطاحن على مساقط هذه المياه حيث كان جميع أهالي القرى المجاورة يقصدون قرية النهر حاملين معهم القمح والذرة لطحنها في مطاحن القرية. كانت المياه تجري لتصب في بئر عميقة حوالي 2-3 أمتار مبنى على سطح غرفة واسعة وفي أسفله فتحة صغيرة ينزل منها الماء بزخم على دولاب خشبي مثبت على عامود كبير ومتصل بحجر مستدير مؤلف من حجرين سفلي وعلوي، السفلي ثابت والعلوي متصل بالعامود ومثبت فيه. وعندما يدور الدولاب جراء سقوط المياه عليه يدير حجر الطاحونة العلوي. على الحائط فوق الحجر كانت هناك خزانة خشبية كبيرة تملأ بالحبوب وينزل منها الحب بشكل متوازن وبكميات قليلة إلى فم الحجر فيطحن ويتحول إلى طحين ناعم ثم يعبأ في أكياس.

وأهم هذه المطاحن:

1- مطحنة بركة التل
2- مطحنة المفشوخ العليا: تبلغ مساحتها حوالي خمسة دونمات وهي ملك للسيد محمود سعيد مرعي العفيفي.
3- مطحنة المطروف
4- مطحنة أم حجرين
5- مطحنة بركة الفوارة
6- مطحنة أم قنطرة
 7- مطحنة وادي المفشوخ السفلى