يعود تاريخ تأسيس مدينة الزهراء لعام 1998 حيث أصدر الرئيس الفلسطيني الراحل ياسر عرافات قراراً بتأسيس هذه المدينة لعدة أسباب:

• إيقاف زحف المستوطنة "نيتساريم" التي كانت مقامة جنوبي مدينة غزة. 
• تنشيط الإنشاء العمراني لاستيعاب أكثر عدد ممكن من المواطنين والعائدين إلى وطنهم بعد توقيع اتفاق أوسلو عام 1993.

بدأت المدينة بتشييد 30 برج سكني، ومجموعة من الزرافق الخدمية والترفيهية.