تتوسط خربة قيس القرى والبلدات التالية:

• مدينة سلفيت شمالاً إلى الشمالين الشرقي والغربي.
• بلدة عمورية شرقاً.
• بلدة عبوين من الجنوب الشرقي.
• قرية عارورة جنوباً.
• قرية مزارع النوباني من الجنوب الغربي.
• وبلدة فرخة غرباً.