وفقاً لاتفاقية الهدنة الموقعة بين مصر وحكومة الاحتلال عام 1949، وقعت خان يونس كما مدن وقرى قطاع غزة تحت السيادة المصرية، واستمر الحال كذلك حتى الخامس من حزيران 1967.

لم تكن تلك السنوات آمنة بشكل كامل بالنسبة لمدينة خان يونس وبلداتها، ونظراً لأهمية موقعها الجغرافي المذكور سابقاً، فإنها تعرضت لاعتداءات ومجازر من قبل جيش الاحتلال "الإسرائيلي"، سنوضحها في موضع آخر.