لموقع مدينة خان يونس أهمية جيواسترايجية للأسباب التالية:

• تمتد أراضي مدينة خان يونس غرباً حتى تصل إلى شاطئ البحر الأبيض المتوسط ويبلغ امتداد أراضي خان يونس على شاطئ المتوسط حوالي 9 كم.
• تبعد مدينة خان يونس مسافة 20كم عن مدينة غزة ونصف المسافة تقريباً عن الحدود الفلسطينية- المصرية (10كم).
• تبعد خان يونس مسافة لاتزيد عن 8 كم عن معبر رفح الحدودي مع الأراضي المصرية.
• كما كان لخان يونس أهمية عسكرية كبيرة خلال حرب عام 1948 بين الجيش المصري والعصابات الصهيوينة، حتى خلال السنوات التي تلتها وحتى اللحظة لما يمتاز به موقع خانيونس من مميزات لكونها تربط بين السهل الساحلي بالأراضي الصحراوية (صحراء النقب شرقاً وصحراء سيناء غرباً).
• تقع خان يونس على خط سكة الحديد التي كانت تربط بين مدينة حيفا ومدينة القنطرة المصرية.