على الرغم من كثرة الهجمات الاعتداءات والمعارك التي طالت خان يونس منذ حرب عام 1948، إلى أنها بقيت تحت الساياستولت سلطات الاحتلال على جزء كبير من أراضي المدينة لبناء المستوطنات عليها، وتشكل مجمعة مستعمرات غوش قطيف التي تمتد بطول الساحل ابتداءً من حدود دير البلح إلى الحدود الدولية في رفح أكبر تجمع استيطاني في قطاع غزة، كانت تستولي على معظم أراضي خان يونس الغربية، وكانت تفصل المدينة والمخيم عن شاطئ البحر. بالإضافة إلى وجود عدة مستعمرات أخرى أخرى مثل «نيتسر حزاني» و«جاني طال» و«جان أور» و«جديد» و«مفيه دقاليم». وقد تحررت من الاحتلال في شهر سبتمبر 2005.