يتميز قطاع الصناعة في خانيونس بصغر حجمه إذ تسود الصناعات الخفيفة التي لا تحتاج إلى خبرات أو رؤوس أموال، مثل: صناعة الألبان، والخبز، والحلويات، وغزل الصوف، والتجارة، والحدادة، الورش المختلفة، وقد أقيمت صناعات أخرى، مثل: الصناعات الغذائية، الصناعات الكيماوية، السجاد والملبوسات، ومواد البناء، صناعة الأخشاب، أما صناعة الغزل والتريكو والأقمشة فقد ازدهرت منذ الخمسينات والستينات على أيدي أبناء المجدل وعسقلان الذين لجأوا إلى المدينة وأقاموا فيها بعد نكبة عام 1948 م.