يعتمد اقتصاد مدينة خان يونس بشكل أساسي على عائدات الأعمال الاقتصادية التالية:

• الزراعة.
• الصناعة.
• التجارة.
• تربية الماشية في بعض مناطقها وأراضيها الخصبة.
• صيد الأسماك من شواطئها الممتدة حوالي 9 كم على البحر الأبيض المتوسط.
• أضف لذلك أهمية موقع المدينة تاريخياً وحتى اللحظة في عمليات التبادل التجاري والسلعي بين محافظات شمالي غزة وفلسطين المحتلة ومحافظات الجنوب الفلسطيني أيضاً.
• كما يعمل أهالي المدينة في أعمال مختلفة كالوظائف الحكومية والمهن الأخرى كالطب والهندسة والمحاماة والتعليم وغير ذلك من أعمال.