توسعت البنية المعمارية لمدينة خان يونس بمرور الوقت مع ازدياد عدد سكانها الذي بلغ حتى العام الحالي (2023) حوالي 242714 نسمة، وأسماء أحياء المدينة هي:

• حي البطن السمين.
• حي قيزان أبو رشوان.
• حي الشيخ ناصر.
• حي قيزان النجار.
• حي المنارة.
• حي قاع القرين.
• حي معن.
• حي جورة اللوت.
• حي السلام.
• حي السطر.
• حي المحطة.
• حي مركز المدينة.
• حي الأمل.
• حي المعسكر.
• حي الكتيبة.
• حي المواصي.
• حي النصر.
• حي الجلاء.
• حي الاستقلال.
• مخيم خان يونس.