تعتبر الظاهرية التحتا غنية بالمصادر المائية فيمر بالقرب منها وادي الليمون الذي تجري فيه المياه بشكل دائم على مدار السنة. ويبدأ هذا الوادي من ارتفاع 800م عن سطح البحر قرب قرية طيطبا، عند السفوح الجنوبية لجبل ابن زمرة في الجليل الأعلى على بعد 5.5 كم شمال غرب مدينة صفد، ويتجه جنوباً في مرتفعات غرب صفد حيث يصبح ضيقاً وعميقاً وينقلب مقطعه الغربي مع الاتجاه إلى الجنوب إلى خانق ذي جوانب صخرية قائمة تنتشر على الجانبين. ويظل الأمر على هذه الحال حتى يصل إلى بعد 3.5 كم قبل قرية الشونة. 

ويتابع الوادي سيره بعد قرية الشونة عميقاً، ثم ينحرف إلى الجنوب الشرقي مسافة 4 كم ليعود للمرور في خوانق على محور شمالي جنوبي مسافة 3 كم، ثم يتجه نحو الجنوب الشرقي مرة أخرى تاركاً المرتفعات بخانق صغير ليدخل أرضاً سهلية صغيرة تساير ساحل بحيرة طبريا الشمالي الغربي، حيث ينتهي الوادي في البحيرة المذكورة بين تل الهنود وسهل الغوير.

القسم الشمالي من الوادي يسمى وادي الطواحين.

أما الطواحين التي كانت موجودة قبل النكبة، وكانت فيما مضى تستعمل لطحن الحبوب. ولكنها توقفت عن العمل في أواخر عهد الانتداب البريطاني لفلسطين فهي: 

طاحونة البطيحة – طاحونة العسراوي – طاحونة المعلق – طاحونة أم الدرج – طاحونة خليل عيشة – طاحونة البتان – طاحونة محمد مشعل طاحونة راجي - طاحونة الدباغ – طاحونة أبو عطا غنيم – طاحونة الدبوسية – طاحونة أم التوت – طاحونة الشريطية.

والقسم الثاني من الوادي يسمى وادي الليمون والقسم الجنوبي كان يسمى أرض سيرين، وفي القسم الجنوبي من هذا الوادي طاحونتين هما: 

طاحونة سيرين – طاحونة العكابرة. 

أما الينابيع الرئيسية التي تغذي وادي الطواحين نبع عين التينة ويقع بين السموعي وميرون، ونبع آخر هو نبع عين الجن، وهذا النبع تتدفق مياهه بغزارة، ولكن في بعض الأحيان تختفي مياهه فجأة إلى حوالي عشر دقائق ثم يعود إلى التدفق بسرعة، وكان الناس يعتقدون أن النبع مرصود من قبل الجن لذلك تختفي المياه. 

ومن مصادر المياه في القرية أيضاً: 

بئر السوجق: ويقع بين الظاهرية وصفد ضمن الأراضي التابعة لمدينة صفد، وكان يشرب من هذا البئر أهالي الظاهرية وأهالي حارة الوطاة في صفد. 

عين المالحة: ومياه هذه العين لا تصلح للشرب وذلك لأن طعم المياه مالحة قليلاً، ومن الممكن أن تكون طبيعة الصخور في المنطقة هي التي تعطي الملوحة لمياه العين، وكانت مياهها تستعمل لسقي البساتين، وتجري باتجاه قرية عبكرة. 

عين رشيدة: تنبع مياه هذه العين من مرتفع ضهر الرشيدة، ومياهها عذبة، ولكن لا يستعلمها السكان للشرب وذلك لبعدها عن القرية، وتجري باتجاه وادي الليمون. 

عين الحوش: مياها لذيذة الطعم، وكان السكان يجلبون المياه من هذه العين على ظهور البغال والحمير للشرب ولغسل الملابس، وتجري مياه العين باتجاه وادي الليمون.