هاجمت القوات الصهيونية عين الزيتون قبل أشهر من احتلالها وتطهيرها عرقياً، ونقلاً عن صحيفة (نيويورك تايمز) أن مجموعة يهودية قتلت قروياً من قرية عين الزيتون صباح الثالث من كانون الثاني/ يناير عام 1948، وألقت قنابل على أربعة منازل من القرية، فيما استمر إطلاق النار قرب القرية بقية اليوم.

وفي مطلع شهر أيار/ مايو وفي سياق عملية "يفتاح" التي قادتها العصابات الصهيونية لاحتلال مدن وقرى الجليل الأعلى ومن ضمنها مدينة صفد وقراها، هاجم جنود من عصابة "البلماخ" قرية عين الزيتون من جهتها الشمالية في الساعة الثالثة فجراً، وبدؤوا هجومهم وفق ما رواه أهالي القرية عن ذلك اليوم بقصف مدفعي استهدف القرية، قبل أن يقوم فصيلين من الجنود بالهجوم على القرية، دارت نقاشات مطولة بين أهالي القرية بين مؤيد لمغادرة القرية وبين معارض لذلك، دخلت القوات الصهيونية وجمع الجنود أهالي القرية، معتقلين بعض الرجال ويذكر المؤرخ "الإسرائيلي" بني موريس أن عدد الأسرى من أهالي عين الزيتون بلغ حوال 37 رجلاً، في حين طردوا باقي أهالي القرية، بعد أن اقتادوا ما يقارب الـ 70 شخصاً من أهالي القرية موزعين بين رجال ونساء وأطفال جمعوهم في مسجد القرية ثم أطلقوا القنابل والمدافع على المسجد الذي هُدِمَ فوق رؤوسهم، ومنذ ذلك الوقت باتت هذه الحادثة تُعرف باسم مجزرة عين الزيتون