تنوعت مصادر المياه في عين الزيتون وكان أبرزها:

عين الزيتون: وهي مصدر المياه الأساسي في القرية سواءً للشرب أو لري المحاصيل، كانت هذه العين تتوسط القرية على مقربة من المسجد، وكان هناك نفق مبني فوقها، كان على من يرغب بنقل المياه من هذه العين ان يعبر عدة أمتار داخل ذلك النفق.

عين الدباغة: هذه العين استخدمت بشكل أساسي في عمليات ري المحاصيل الزراعية، كانت مقسمة لفصول (12 فصل: الفصل يعني عدد الساعات التي يسمح فيها لأصحاب هذا البستان او ذلك بري محاصيلهم فيها)، كان هناك رجل متخصص في إدارة وتنظيم هذه العملية ويدفع له أجر مادي لقلء ذلك، وفق نمط اتفق عليه أهل القرية.

بركة الغزلان: هذه البركة كانت موجودة غربي القرية تستخدم تتجمع فيها مياه الأمطار، وكان يتم الاعتماد عليها طيلة فصل الشتاء وحتى نهاية شهر نيسان لري الماشية.

بالإضافة لهذه العيون والبرك، كان هناك عدة أودية تخترق القرية وأراضيها، ومنها:

وادي أبو شمع: يقسم البلد لقسمين يبدأ جريان هذا الوادي من  جبل كنعان، يلتقي بوادي الحِمم/ الحَمّام الذي يفصل عين الزيتون عن مدينة صفد، ليصبح اسميهما معاً وادي الخرار، هذا الوادي يجري شتاءً فقط، ويوجد عليه جسر يربط جزئي القرية الشرقي والغربي.

وادي الحِمم/ الحَمّام: يفصل عين الزيتون عن مدينة صفد، ويجري شتاءً فقط، يتفرع عن الوادي أربع عيون تسمى عيون الجديدة كان أصحاب البساتين القريبة منها يستفيدون من مياهها في ري محاصيلهم.

وادي الطواحين: هذا الوادي منبعه الأساسي في أراضي قرية سعسع ويمر بعدة قرى قبل مروره بقرية عين الزيتون متابعاً جريانه إلى أن يصب في بحيرة طبريا، كان جريانه منتظم صيفاً شتاءً، ويتفرع عنه في أراضي القرية عين مياه يسميها أهل القرية (عين الجن) حيث كانت هذه العين تتدفق أحياناً وتجف أحياناً أخرى، فأسموها بهذا الاسم.

بشكل عام هذه هي مصادر المياه في عين الزيتون التي كانت تستخدم في الشرب والاستخدام المنزلي، وفي ري المزروعات والمواشي، كانت نسوة القرية ينقلنّ مياه الشرب والاستخدام المنزلي من العيون إلى المنازل بواسطة الجرار الفخارية على ظهر الماشية، ولم يتم ربط القرية بشبكة أنابيب لنقل المياه.