احتلال القرية وتطهيرها عرقيا 

كانت القرية موضع تنازع بين القوات المصرية و"الإسرائيلية"، في الأسبوع الأول من حزيران/يونيو 1948. فقد جاء في بلاغ عسكري "إسرائيلي" نقلته وكالة إسوشييتد برس في 1 حزيران/ يونيو، أن في يبنة وحدة مصرية متقدمة. إلاّ أن المؤرخ "الإسرائيلي" بِني موريس يذكر أن القوات "الإسرائيلية" استولت على القرية في 4 حزيران/يونيو، في سياق المرحلة الثانية من عملية براك. ويكتب موريس مستشهداً بمصادر عسكرية: ((بعد القصف بمدافع الهاون وقتال الرجال والنساء العرب المسنين)، الذين ما لبثوا أن طُردوا أيضاً)). إلا أن هذه الرواية لا تتفق مع الرواية التي نجدها في ((تاريخ حرب الاستقلال))، الذي يجعل اليوم التالي تاريخاً لاحتلال القرية، ويؤكد الاستيلاء عليها بطريقة مختلفة:
 فقرية يبنا التي لم تصل إليها القوات المصرية، أصيبت بالذعر نتيجة رؤية حشودنا، فهجرها سكانها، وفي ليل 4/5 [حزيران/يونيو] سقطت بيدنا من دون قتال.
 كما نقلت صحيفة ((نيويورك تايمز)) نبأ هجوم القوات المصرية في 5 حزيران/يونيو على يبنة ((التي يسيطر الإسرائيليون عليها الآن))، لكن البرقيات حملت أنباء ((استرداد)) القوات الإسرائيلية للقرية في اليوم نفسه.
 وساقت وكالة يونايتد برس رواية أُخرى لكيفية احتلال القرية، تختلف اختلافاً بيّناً عن الروايتين الإسرائيليتين؛ فقد بدأت المدفعية الإسرائيلية تقصف أعالي القرية أولاً، بينما زحفت قوات المغاوير خلف فرق كاسحي الألغام، ((وعند شروق الشمس، بات من الممكن مشاهدة المدنيين يفرّون من البلدة في اتجاه الساحل، من دون أن يعترضهم المهاجمون الإسرائيليون)). بُعيد ذلك سقطت يبنة واستولى المغاوير الإسرائيليون على ذلك الموقع الاستراتيجي المتحكم في الطريق الساحلي. وأضافت الرواية أن يبنة كانت آخر ((القلاع العربية)) بين تل أبيب والمواقع المصرية المتقدمة على الجبهة شمالي إسدود مباشرة.